近日,中山大学肿瘤防治中心徐瑞华教授、王峰教授团队与海普洛斯团队在Nature Communications(IF=14.919)上发表了题为Comprehensive profiling of 1015 patients’ exomes reveals genomic-clinical associations in colorectal cancer的论文。

中山大学肿瘤防治中心徐瑞华教授、王峰教授为共同通讯作者;中山大学肿瘤防治中心赵齐副研究员、陈衍行博士为共同一作;海普洛斯创始团队许明炎博士、陈实富博士,以及张敬、张晓妮、黄探霄等研究人员为论文共同作者。

该研究对1015例中国结直肠癌的患者的肿瘤组织和配对癌旁组织进行了高深度的全外显子组测序(采用海普洛斯独家研发的WESPlus panel),全面解析了结直肠癌的染色体基因组变异事件、新抗原以及线粒体基因组特点,拓展了对我国肠癌人群基因组认知,并基于不同维度的基因组分子特征构建了中国千人肠癌基因组新分型。该研究为肠癌生物标志物探索以及新治疗靶点的开发提供了重要的数据资源。

在人群构成上,本研究队列相比于TCGA的肠癌队列,具有更高比例的左半肠癌(68.5%)、直肠癌、转移性结直肠癌,以及更低的中位患病年龄(59岁)。

研究团队首先鉴定体细胞突变和拷贝数变异事件,进一步采用非监督的聚类方法将结直肠癌患者分为四个分子亚型,包括超突变型(HM),基因组稳定型(GS),染色质不稳定型-高危(CIN-HR)以及染色质不稳定型-低危(CIN-LR)。

其中CIN-HR具有高拷贝数变异负荷、主要携带10q21.21等区段扩增的特点,在四种亚型患者中预后最差。而且研究团队在TCGA的数据中也验证了这一分型。这部分解析了CIN亚型结直肠癌分子特征和临床特点,鉴定了可区分CIN亚型的分子事件10q21.21扩增,有望成为结直肠癌基因组分子分型的重要补充,为其个性化精准治疗和临床预后判断提供指导。

结合海普洛斯WESplus产品可捕获线粒体基因组全长的特性,本研究全面解析了中国结直肠癌的线粒体基因组异常情况,发现66%的结直肠癌患者携带有线粒体基因的突变。

除此之外,还基于WESplus的数据定义了线粒体基因组拷贝分数(mScore)。结合临床资料分析发现:mScore与结直肠癌患者的预后高度相关,mScore-High患者的预后显著差于mScore-Low的患者。该研究还分析并证实了mScore与染色体基因组变异的关系,为探索染色体基因组变异与线粒体基因组的相互影响提供了数据基础。

综上,本研究建立了1015例的具有长期随访等临床资料的结肠癌人群全外显子组数据队列。研究团队利用丰富的生物信息学数据挖掘分析方法,对中国人群的结直肠癌进行了全面的基因组分子表型和临床关联研究,利用多基因组分子特征建立我国千人肠癌基因组新分型,为深入理解结直肠癌的发生发展、推进结直肠癌的临床精准治疗提供了重要的数据及理论依据。

依托于中山大学肿瘤防治中心等国内超高水平肿瘤临床研究机构,海普洛斯于2017年发起【肠康计划】,旨在建立超10万例中国人群肠癌基因数据库,为肠癌患者提供早筛早诊,预后评估,术后复发监测,个体化用药指导,疗效评估及耐药分析、免疫治疗等全病程管理模式,为肠癌精准医疗在中国的落地打下坚实的基础。

目前,该项目已取得丰硕成果,除了本项研究发表在《Nature Communications》之外,还有如下中肿牵头的项目文章,也由海普洛斯参与。

1.Gut重磅 | 海普洛斯液体活检助力,徐瑞华教授、王峰教授团队发表结直肠癌ctDNA动态监测队列研究成果(IF 23.059)

2.Theranostics | 海普洛斯与中山肿瘤徐瑞华教授、李宇红教授团队发表肠癌MRD相关成果

原文链接:

https://www.nature.com/articles/s41467-022-30062-8

关于HapOnco™WESPlus:

四大亮点 · 深度解读HapOnco™WESPlus

专家介绍

徐瑞华 教授

徐瑞华 教授

个人简介

徐瑞华,中山大学附属肿瘤医院院长,华南肿瘤学国家重点实验室主任,省部共建协同创新中心主任,入选国家百千万人才、南粤百杰等人才项目。

兼任中国临床肿瘤学会(CSCO)理事长,中国抗癌协会副理事长,CSCO肠癌专委会主任委员等。以第一完成人获得国家科技进步二等奖2项及省部级一等奖6项。以通讯或第一作者在国际顶级期刊JAMA、Nature Materials、Nature Medicine、Lancet Oncology等发表SCI论文199篇,连续入选中国高被引学者榜单。

王峰 教授

王峰 教授

个人简介

王峰,中山大学肿瘤防治中心内科副主任,华南肿瘤学国家重点实验室PI,教育部青年长江学者。兼任中国抗癌协会青年理事会理事,中国临床肿瘤学会理事,广东省抗癌协会肿瘤靶向治疗专委会青年委员会主任委员等。

荣获国家科技进步奖二等奖(排名2/10)、中华医学科技一等奖(排名3/15)等科研奖励。以通讯或第一作者在Annalsof Oncology、JAMA Oncology、Cell Research、Gut等发表SCI论文48篇。作为课题负责人承担了国家自然科学基金国际(地区)合作与交流项目、面上项目等。

赵齐 副研究员

赵齐 副研究员

个人简介

赵齐,中山大学肿瘤防治中心副研究员。长期从事肿瘤生物信息学研究工作,在生物信息学模型构建和软件平台开发、肿瘤基因组大数据分析等方面积累了丰富的研究经验。

近些年以主要作者在包括JAMA onco, Sci Tran Med, Cell Res, Cancer Res, Nucleic Acid Res等杂志上发表SCI论文24篇(2篇ESI高被引),主持包括国自然面上、青年基金、广东省面上等共5项基金项目。作为核心骨干参与教育部重点研发、国自然重点项目和国际合作项目各一项。独立/合作开发并发布开源生物信息学软件10余个,获颁软件著作权3项,授权专利一项。